乙型肝炎病毒携带者是可以合法办理健康证的。健康证是指对食品、饮用水生产经营人员、直接从事化妆品生产的人员；

公共场所直接为顾客服务的人员、有害作业人员、放射工作人员以及在校学生等按国家卫生法律、法规规定所进行的从业前、从业和就学期间的健康检查。

健康检查主要涉及的疾病为:痢疾、伤寒、活动期肺结核、皮肤病(传染性)和其他有传染性的疾病。

健康证检查项目:常规内外科体格检查;肝功能一项(ALT);大便培养(痢疾、伤寒杆菌)，胸部透视。

如果查出患有这些疾病，则不得从事理发美容、直接接触入口食品、公共浴室等直接为顾客服务的工作，需治愈后方可工作。

我国于2009年6月1日正式实施新的《食品安全法》，7月20日又出台《实施条例》，允许乙型肝炎病毒携带者从事食品行业。所以说，乙型肝炎病毒携带者也是可以合法办理健康证的。

【法律依据】：

《食品安全法实施条例》第二十三条规定：食品生产经营者应当依照食品安全法第三十四条的规定建立并执行从业人员健康检查制度和健康档案制度。从事接触直接入口食品工作的人员患有痢疾、伤寒、甲型病毒性肝炎、戊型病毒性肝炎等消化道传染病，以及患有活动性肺结核、化脓性或者渗出性皮肤病等有碍食品安全的疾病的，食品生产经营者应当将其调整到其他不影响食品安全的工作岗位。
食品生产经营人员依照食品安全法第三十四条第二款规定进行健康检查，其检查项目等事项应当符合所在地省、自治区、直辖市的规定