合作医疗和医保的区别如下：
1、对象不同，城镇职工医疗保险，也就是狭义的医疗保险，主要是针对城镇职工的，而合作医疗，基本上是针对农村用户的；
2、收费不同，农村合作医疗，收费比较低，而且是农户自己缴费；而医疗保险，则收费比较高，而且很多时候，是个人与所在单位共同缴纳；
3、保障不同，农村合作医疗，主要是广覆盖，但很多保障相对来说并不高；而医疗保险相对来说，保障性会更高一些。
农村合作医疗是医保的一种。医保包括城镇职工基本医疗保险、新型农村合作医疗、城镇居民基本医疗保险、商业医疗保险。医保拥有农村合作社的全部特性，农村合作医疗只具有医保的一部分特性。
医保就是指社会医疗保险，是国家和社会根据一定的法律法规，为保障范围内的劳动者提供患病时的基本医疗需求。而农村合作医疗是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加的，个人、集团和政府多方筹资，以大病统筹为主的农村医疗互助供给制度。医保是为所有劳动者提供保障的，农村合作医疗是专门为农民提供保障的。劳动者可以是工人、农民、城镇居民、在职员工，而农村合作医疗只能为农民服务。
医保是由国家和社会为劳动者提供保障的，而农村合作医疗主要是由国家为农民提供保障。农村合作医疗的缴费便宜，加上国家的大力补助，农民一年缴纳费用很低，却能得到很大的医疗保障。农村合作医疗主要是以大病统筹为主，小病由农民支出，而医保并不以哪种疾病为主。
合作医疗和医保的区别在于对象、收费和保障。合作医疗主要针对农村用户，收费较低，保障相对较低；而医疗保险主要针对城镇职工，收费较高，保障性更强。农村合作医疗是医保的一种，专门为农民提供保障，而医保是由国家和社会为所有劳动者提供保障。