上海质子治疗不可以进医保。
质子重离子治疗是没有纳入医保的，所以医保不予报销。大部分接受质子重离子治疗的患者，都是采用商业医疗保险的方式减轻自己和家庭负担。目前上海地区沪惠保和河北地区的冀惠保也把质子重离子的治疗纳入医疗保障范围内。
质子重离子治疗属于放射疗法的一种，质子重离子技术原理是运用质子或者重离子射线对肿瘤进行照射，从而杀灭肿瘤的治疗技术。相比常规的放疗，质子重离子的优点是照射准确，它能够准确的杀死肿瘤细胞；无创伤，对于正常组织的副作用小，治疗过程无痛苦，而且无毒副作用，肿瘤局部控制率较高。
医保报销流程：
1、在医保定点医院诊疗：每个城市都会有医保定点医院，只有在医保定点医院里面诊治，才能够使用医保去报销。所以大家如果想要使用医保的话，就一定要去医保定点医院就诊，并且要办理好相关的登记手续；
2、准备好出院资料：在出院的时候就提前把出院的资料给准备好，比如说疾病诊断书，出院记录以及病案单等。一般在治疗的时候跟医生说一下，需要这些资料，医生就会帮助准备好，最好是拿到这些资料以后再复印一份。一份提交给医保报销处，另一份留着备用；
3、出院结算：拿着住院清单以及发票，在医院里面办理好结算手续。之后就可以携带着相关的资料去医保报销部门报销并且审核了；
4、等待费用报销到账：当把资料交接好了以后，就会收到回执单，报销的金额会在15天之内到账，大家只需要耐心等待。
综上所述，质子重离子治疗是没有纳入医保的，所以医保不予报销。
上海质子治疗不纳入医保范围，需商业保险承担；少数地区医保包括质子治疗。医保报销需在医保定点医院诊疗并提供相关资料，出院结算时办理报销手续。