特殊门诊住院可以报销。
办了门诊特诊的，住院是可以报销的，参保人在特殊门诊期间住院可在出院时在医院联网结算住院费用。
门诊医保报销标准如下：
1、甲类慢性病患者发生的符合规定的门诊医疗费用，由统筹基金按85％支付。慢性肾功能衰竭肾衰竭期患者的门诊血液透析费用、腹膜透析费用及器官移植后服用环孢素A的费用在上述基础上再提高十个百分点；
2、乙类慢性病起付线标准：300元。乙类慢性病患者发生的符合规定的门诊医疗费用，在起付线标准以上部分按80％支付，一个医疗年度或有效期内不能超过慢性病最高支付限额；
3、参保人员可同时认定两种乙类慢性病，并按最先认定的双病种管理，每个病种单独计算起付线。慢性病病种的认定管理、最高支付限额将根据统筹基金收支状况由人力资源社会保障部门适时调整。慢性病鉴定标准、细则及程序，由市人力资源社会保障行政部门另行制定。
医疗保险报销流程：
1、确认报销范围：在治疗过程中，需要确认自己的治疗项目是否属于医疗保险报销范围内；
2、收集报销材料：收集相关的治疗记录、药品收据、医疗费用清单等相关材料；
3、到社保部门办理报销：将相关材料提交给当地社保部门，办理医疗保险报销手续；
4、等待审核：社保部门会进行相关审核和比对，确认报销比例和报销金额；领取报销款项：审核通过后，可以在指定的银行领取医疗保险报销款项。
综上所述，根据有关的规定，参加城镇职工基本医疗保险或城乡居民基本医疗保险，并患有指定慢性病的人员均可申报慢性病门诊治疗待遇。参保人认定通过后，自次月起开始享受当季度特殊慢性病门诊治疗待遇，认定通过的参保人可持本人社会保障卡在定点医疗机构进行门诊治疗及慢性病定点药店购药。慢性病的报销标准是：每年度起付标准300元，治疗统筹疾病发生的符合规定的门诊医疗费用，在起付标准以上部分，城镇职工按80％报销，城镇居民按50％报销。
特殊门诊住院可报销，医保支付标准：甲类85％，乙类300元起付线，双病种管理，报销流程：确认范围、收集材料、社保部门报销。