一、雇主在员工拒绝加班时是否可以合法扣除工资
法律规定不加班扣工资是不合法的，用人单位不能强迫员工加班，更无权克扣工资。而作为劳动者在一般情况下有拒绝加班的权利，若是因此用人单位就扣劳动者工资的话，自然单位的行为也是不合法的。这个时候可以通过一些法律途径来维护自身的合法权益。
二、加班不加算不算旷工
不算。
《劳动合同法》第三十一条
用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。
三、加班工资应如何支付
支付加班加点工资的标准是：
1．安排劳动者延长工作时间的（即正常工作日加点），支付不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150％的工资报酬；
2．休息日（即星期六、星期日或其他休息日）安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于劳动合同规定的劳动者本人日工资标准的200％的工资报酬；
3．法定休假日（即元旦、春节、国际劳动节、国庆节以及其他法定节假日）安排劳动者工作的，支付不低于劳动合同规定的劳动者本人日工资标准的300％的工资报酬。
《劳动法》第四十四条
有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
1．安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2．休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3．法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。