私企正式员工离职，公司要求赔偿违约金1.5万元。
私企正式员工离职，公司要求赔偿违约金，并以此为由扣发2011年12月至2012年3月的补助、补贴，3月份的工资，和2011年员工年终奖共计2万元左右。
我于2010年11月份与一家私企签了合同（招聘时提供参考的电子文档劳动合同没有注明违约金事项说明，因为当时去西安接受入职培训顺便签订劳动合同，当时心情很无奈,都跑这么远了），刚入职就接受公司的入职培训20天（本人之前相关工作经验2年，培训内容大部分自己都知道），之后公司也从来没对我本人进行过专门的培训。之后5个月以见习生的身份在公司上班，合同期规定3月转正。直到2012年3月，公司未能成若入职满一年提薪，且公司安排本人于北京出差，因为个人对北京生活消费很顾虑，加上对公司一些现状的不满，之后与项目领导谈过话后，便于今年3月份向公司人事部经理递了辞职报告，但人事经理却说按照合同要求，要我赔偿一定数量的违约金，开始说要赔1.5万，商量后未见松口。合同上确实注明了新员工在合同期未满的情况下辞职要交违约金（三年3万元，具体算法没有明白），同时当时一个人跑到西安签订的劳动合同也是无奈啊！但是上面也写了公司会对新员工组织培训，这些我都没享受到，公司目前已经扣发2011年12月至2012年2月的补助、补贴，3月份的工资、补贴补助（今年4月份再算），和2011年员工年终奖共计2万元左右，并且还说扣得不够。我在公司工作时一直是在尽自己最大努力做事，过年时请过年假，别的时间从不请假休息，辞职也确实是因为考虑清楚才向公司申请，可公司现在一定要我按照合同赔钱，说这是公司的规定，为此我找了人事部经理求了几次情也没用，我真的很寒心。 请问公司这样做合理么？我应该怎么办？
问题补充：
合同中好像是有约定竞业限制,服务期,保密等内容