取消合作医疗的办理流程具体如下：
1、退保人要写一份退保申请，并附带相关材料，如升学、招工、户口迁移等材料，到乡管理机构办理手续；
2、乡管理机构要对其有关证明审核，并签署意见，与申请退保者的缴费证、缴费记录卡一起上报县级保险机构；
3、退还正常退保者和非正常退保者的保险金额，要按照不同的标准来计算。取消农村合作医疗需要的手续有本人的身份证原件，和本人的医保卡，一般办理注销新农合，需要本人亲自办理，前往行政办公大厅，找到医保局的新农合服务窗口，进行办理。
合作医疗的办理流程：
1、个人申请。农村居民携带户口簿、二代居民身份证原件和复印件到户籍所在地村（居）委会提出参加农村医疗保险申请，选择缴费档次，填写《新型农村社会医疗保险参保登记表》（以下简称《参保登记表》）一式二份；
2、村协理员检查。村协理员负责检查《参保登记表》、《农村户籍老年人家庭社会关系表》是否填写完整，填写的姓名、二代身份证号码等信息是否准确，是否有个人签字或盖章、按手印，检查参保人员提供的相关材料是否齐全，检查无误后，在《参保登记表》上签字，加盖村委会公章，附上参保人员本人居民二代身份证和户口簿复印件等材料，然后上报乡镇劳动保障事务所；
3、乡镇初审。乡镇劳动保障事务所对村里上报的参保登记有关材料进行初审，审核无误后，经办人员在《参保登记表》上签字，加盖乡镇保障所公章，及时将参保人员的基本信息录入新农保信息系统，将《参保登记表》、二代居民身份证和户口簿复印件等材料上报县农保中心；
4、县农保中心复核。县农保中心收到乡镇上报的参保登记有关材料及时进行复核，无误后，对乡镇劳动保障事务所录入的参保人员基本信息进行确认，为参保人员建立个人账户；在《参保登记表》签字、盖章，将有关材料归档备案。
综上所述，参保人员可以携带本人的身份证和医保卡去当地的社保经办机构等申请取消，退保人要写一份退保申请，并附带相关材料，如升学、招工、户口迁移等材料。
取消合作医疗的办理流程简单明了，参加合作医疗的申请也很方便。